直到1981年7月1日，微软才正式注册成为一家正式公司。起初，公司股票只有少数人拥有公司股票，这些人都是盖茨最亲密的伙伴。许多在公司干了多年的人，对这种股票分配方式怀有不满。

为平息不满，1982年，公司开始发放年度奖金，并给员工配股。但并非人人都能得到股票，按计划规定，要得到股票需等一年，然后在4年之间分8等份支付。当时原始股份只有95美分，一般新雇用的软件工程师可得2500股，来的早的则得更多些。有了股票，公司取消了加班费，因此反而引起许多员工抱怨。一名员工说，当时他分得的股票，一直是家里人的笑料。不过，到1992年初，这些原始股每股已上涨千倍以上，达到1500美元。那些保留全部2500股的程序员，已拥有了近四百万美元。

公司奖赏员工的方式基本成形，它分为三部分，第一部分是工资，第二部分是公司股票认购权，第三部分是奖金。公司通常不付给员工高薪，也拒绝支付加班费。但是到90年代，各类补偿金数目可观，因为股价总在不停地往上窜。其补偿金具体为高达15％的一年两度的奖金、股票认购权以及工资购买股票时享受的折扣。一名雇员工作18个月后，就可获得认股权中25％的股票，此后每6个月可获得其中的12.5％，10年内的任何时间兑现全部认购权。每两年还配发新的认购权，雇员还可用不超过10％的工资以85折优惠价格购买公司股票。

微软还建立了晋级制度，在技术部门和一般管理部门建立了正规的升迁途径。首先，每个专业里设立:"技术级别"，级别用数字表示，起点是本科毕业的新员工为9级或10级，高至13、14、15级。对于程序员，13级已是非常之高。级别反应员工表现和基本技能，也反映经验阅历。同时级别与报酬直接挂钩，开发人员属于报酬最高的一类，从其它公司跳槽或挖墙脚来的资深开发员可以不时协商工资额，可使工资超过本级别的平均水平，因为开发人员是软件公司的"主角"。